Angebot

Für die intraoperative Diagnostik steht die Schnellschnittuntersuchung zur Verfügung. Indikationen für eine Schnellschnittuntersuchung sind Fragen nach der Dignität von Läsionen oder Vollständigkeit der Resektion. Von der Ankunft der Probe am Institut bis zur Befundmitteilung vergehen etwa 15 Minuten (pro Probe, bei mehreren Proben kumulativ). 

Die Proben müssen nativ und trocken (nicht in Fixier- oder Kochsalzlösungen) übersandt werden. Befunde werden durch die Pathologin oder den Pathologen der einsendenden Klinik telefonisch mitgeteilt. Deshalb ist es unabdingbar, dass eine bediente und funktionierende Telefonanschlussnummer, unter der die einsendende Person zum Zeitpunkt der Schnellschnittuntersuchung erreichbar ist, auf dem vollständig ausgefüllten Einsendeformular vermerkt wird. 

Der Schnellschnittdienst steht während den Öffnungszeiten des Instituts (Mo-Fr 7.45-17.15 Uhr) durchgehend zur Verfügung. Eine Voranmeldung unter Tel. +41 61 265 28 56 ist erforderlich. 

Bei Schnellschnittuntersuchungen, welche an Werktagen abends ausserhalb dieser Zeit benötigt werden, ist eine telefonische Voranmeldung während den Öffnungszeiten des Instituts unter Tel. +41 61 265 28 56 zwingend. 

Das Institut betreut telemedizinisch den Schnellschnitt des Hôpital du Jura in Delémont. Hierzu sind spezielle IT-technische Voraussetzungen notwendig. Diese Art der Schnellschnittuntersuchung muss 24 Stunden in Voraus mittels E-Mail angemeldet werden (alexandar.tzankov@usb.ch oder thomas.menter@usb.ch).

• Unklare klinische Bilder
• Chronische Erkrankungen, die eine längere, nebenwirkungsreiche Therapie nach sich ziehen
• Therapie- und Verlaufskontrollen
• Medizinisch-legale Fragen (Gutachten)

• Alter und Geschlecht
• Anamnese
• Bisherige topische oder systemische Therapien
• Klinische Beschreibung (Effloreszenzen und deren Verteilung)
• Lokalisation der Biopsie
• Entnahmetechnik
• Frühere Biopsieentnahmen
• Differentialdiagnose

• Unklare entzündliche Hauterkrankungen in unterschiedlichen Entwicklungsstadien, polymorphe Läsionen oder Erythrodermie: multiple Biopsien.
• Verdacht auf Pannikulitis, Vaskulitis oder Lymphom: ausreichende Länge (mindestens 2–3 cm) und Tiefe des Präparates.
• Monomorphe Läsionen in disseminierter Verteilung: eine repräsentative Biopsie.
• Anuläre, zentrifugal wachsende Dermatitiden, Atrophien, Ulzera und blasenbildende Hauterkrankungen: Inzisionsbiopsie im rechten Winkel zum Randgebiet mit Zentrum und Peripherie der Läsion unter Einschluss der gesunden Haut.
• Leukozytoklastische Vaskulitis oder bullöse Autoimmundermatosen Direkte Immunfluoreszenz

Falls bei Tumorexzisaten oder Nachresektaten eine Beurteilung der Resektionsränder vorgenommen werden soll, müssen Fadenmarkierungen angebracht werden. Bedeutung der Fadenmarkierung auf dem Einsendeformular vermerken (z.B. Faden bei 12 Uhr, Faden beim tumorfernen Resektionsrand). Bei komplexeren Exzisaten ist eine Skizze sehr hilfreich

Prof. Katharina Glatz
Leitende Ärztin Pathologie,
Mitglied Tumorzentrum
Tel.+41 61 328 68 94
kathrin.glatz@usb.ch

Um eine standardisierte Befundung von Knochenmarkbiopsien zu ermöglichen, bitten wir die zuweisenden klinischen Kolleginnen und Kollegen um folgende Angaben:

• klinische (Verdachts-)Diagnose,
• Grund der Biopsieentnahme (z.B. Lymphomstaging, Abklärung einer Leukozytose, Panzytopenie, etc.),
• aktuelles Blutbild mit Differentialblutbild,
• Angaben über:
  • bekannte (hämatologische) Neoplasien, einschliesslich durchgeführte Chemo-/Radio-/Immuntherapien,
  • andere systemische Erkrankungen (z.B. granulomatöse Prozesse, Autoimmunerkrankungen, Speicherkrankheiten, etc.),
  • aktuelle und/oder vorangegangene, insbesondere myelotoxische/myelosuppressive Therapien (z.B. Azathioprin, Arsen, etc.), Exposition gegenüber hämatopoietischen Wachstumsfaktoren (Erythropoietin, G-CSF, Interferon, etc.),
  • vorangegangene autologe/syngene oder allogene Stammzelltransplantationen oder Organtransplantationen,
  • akute/chronische Viruserkrankungen (CMV, EBV, HBV, HCV, HIV, Parvo-B19, etc.) oder allfällige andere Infektionen,
  • Vorhandensein von Organomegalien,
• weitere relevante Befunde/Angaben (z.B. Ergebnisse der Aspirationszytologie, Flow-/FACS-Analysen, Zytogenetik, etc.),
• nach Möglichkeit, Angaben über den Vitamin B12-, Folsäure- und Eisenstatus.

Die Knochenmarksstanzbiopsien sind in 4%-iger gepufferter Formalinlösung einzusenden (kann bezogen werden: Auftrag Bestellformular oder Tel. +41 61 265 27 57).

Wir bitten das Einsendeformular für Knochenmarkbiopsien zu benutzen.

Prof. Stefan Dirnhofer
Stv. Chefarzt Pathologie
Mitglied Tumorzentrum
Tel.+41 61 328 67 89
stefan.dirnhofer@usb.ch

Prof. Alexandar Tzankov
Fachbereichsleiter Histopathologie und Autopsie
Mitglied Tumorzentrum
Tel.+41 61 328 68 80
alexandar.tzankov@usb.ch

Solide Tumoren im Kindesalter unterscheiden sich sowohl morphologisch und molekulargenetisch als auch therapeutisch und prognostisch von denen des Erwachsenenalters. Sie erfordern daher je nach Entität eine spezielle Aufarbeitung mit verschiedenen an unserem Institut verfügbaren Färbungen und Methoden inklusive molekularpathologischer Untersuchungen wie Fluoreszenz in situ Hybridisierung (FISH) und Mutationsanalysen mit spezialisierten Next Generation Sequencing (NGS) Panels. 

Daraus ergeben sich folgende Empfehlungen für unsere Einsenderinnen und Einsender: Um diese Untersuchungen zu ermöglichen, sollten Tumorbiopsien und Tumorresektate unfixiert, frisch, nativ, auf Wassereis per Kurier nach telefonischer Voranmeldung eingesandt werden. In enger Kollaboration mit dem Universitätskinderspital beider Basel (UKBB) sichern wir die Teilnahme der Patientinnen und Patienten an Studien der Schweizerischen pädiatrischen Onkologie Gruppe (SPOG) sowie internationalen Studienkonsortien durch Übersendung von Probematerial an entsprechende Referenzzentren. Des Weiteren erfolgt eine routinemässige Referenzbegutachtung durch das Kindertumorregister in Bonn (Prof. Christian Vokuhl) in Absprache mit der Onkologie des UKBB.

Die histopathologische Beurteilung von Plazenta und Abortkürretagen kann einen wichtigen Beitrag zum Verstehen kindlicher und mütterlicher Pathologien und auch zur Klärung der Todesursache bei einem intrauterinen Fruchttod liefern. Für die adäquate Beurteilung sind Angaben zur Schwangerschaftswoche, zu Befunden des Kindes und der Mutter sowie allfälligen Auffälligkeiten während der Schwangerschaft und des Geburtsvorgangs hilfreich. Das Gewebe kann normalerweise formalinfixiert eingesandt werden, falls neben der Plazenta auch eine Beurteilung des Fötus erfolgen soll, sollte dieser möglichst rasch nach Geburt unfixiert eingesandt werden.

PD Dr. Thomas Menter
Kaderarzt Pathologie
Tel.+41 61 328 68 97
thomas.menter@usb.ch

Die Diagnose einer Aganglionose bei Morbus Hirschsprung gelingt anhand von Gefrierschnitten zuverlässig mittels der enzymhistochemischen Darstellung der gesteigerten Acetylcholinesterase-Aktivität der parasympathischen Nervenfasern der Muscularis mucosae und der Lamina propria des Rektums sowie des fehlenden Nachweises von Ganglien.

Im proximalen, dem aganglionären vorangeschalteten Segment findet sich typischerweise eine Hypoganglionose, deren Ausdehnung erkannt werden sollte, um die Resektion in einem funktionell intakten Darmabschnitt durchzuführen. Zu einer solchen Abgrenzung ist die (auch intraoperativ am Schnellschnitt durchführbare) enzymhistochemische Reaktion für Laktatdehydrogenase in der Lage.

Durch die enge Kooperation mit dem IntestTeam des Universitätskinderspitals beider Basel (UKBB), das sich mit Darmmotilitätsstörungen von Kindern und Jugendlichen befasst, gelingt eine interdisziplinäre Versorgung der Patientinnen und Patienten.

Hinweise für die Einsendung von Gewebe zur Untersuchung bezüglich eines Morbus Hirschsprung: Hirschsprung Materialeinsendung

Hinweise für die Einsendung zur konsiliarpathologischen Beurteilung von Schnitt- und Paraffinmaterial: Konsiliarpathologische Beurteilung

1. Gynäkologischer Abstrich

Flüssigkeitsbasierte gynäkologische Abstriche (ThinPrep® Methode):

• Gleitgel kann bei der ThinPrep® Methode zu einem Verklumpen der Zellen mit eingeschränkter Beurteilbarkeit der Präparate führen. Falls nötig kann jedoch wenig eines wasserlöslichen Carbomer-freien Gleitgels verwendet werden (zum Beispiel Gyn-Lys oder K-Y Gleitgel medical Steril).
• Entnahmebürste und/oder -spatel in der PreservCyt®- Lösung gut ausspülen und an der Wand oder am Boden des Gefässes entlang drehen um die Zellen dadurch gut abzulösen.
• Danach Bürste oder Spatel entsorgen (nicht in der Lösung belassen).
• Behälter versenden.
   

Konventionelle (klassische) gynäkologische Abstriche:

• Objektträger mit mattem Endstück verwenden und mit Name, Vorname sowie dem Geburtsdatum der Patientin mit Bleistift beschriften.
• Durch Abrollen der Bürste oder Abstreichen des Spatels Zellmaterial rasch (innerhalb von 2-3 Sekunden), dünn und gleichmässig in einer Bewegung ausstreichen (keine Watteträger).
• und sofort fixieren: mit Fixationsspray einsprühen, bis das Präparat vollständig von einem Flüssigkeitsfilm bedeckt ist. Ausstriche 10-20 min vor Versand trocknen lassen.
• Versand in Versandhülsen.
  
   

2. HPV-Typisierung

Typische Indikationen:

• Unklare zytologische Befunde (ASC-US, ASC-H und AGC) bei Patientinnen ≥ 30 Jahren.
• Leichte Dysplasie (Bethesda low grade SIL) bei Patientinnen ≥ 30 Jahren
• Primäres HPV-Screening

Materialentnahme für HPV-Untersuchung:

• Flüssigkeitszytologie: HPV-Bestimmung an der verbliebenen Restflüssigkeit („Reflex HPV-Testung“). Restmaterial aus Flüssigkeitszytologie steht während 4 Wochen für eine nachträgliche HPV-Untersuchung zur Verfügung.
• Konventionelle Ausstriche: Testkit (Digene Specimen Collection Kit, QIAGEN) mit Entnahmeinstrument (wird von uns zur Verfügung gestellt). Materialentnahme anlässlich Kontrolluntersuchung.

3. Endometriumaspirate

Materialentnahme:

• Absaugen des Cavum uteri mit Ballonpipette
• Auffangen des Aspirates in Flüssigmedium AMIMED®

Wichtige Hinweise

Vor der Feinnadelpunktion (FNP) alle Utensilien bereitlegen.

Funktionskontrolle des Fixationssprays vor der Punktion. Nur beschriftbare Objektträger verwenden (Name, Vorname und Geburtsdatum mit Bleistift. Kein Filzstift, keine Etiketten). Beschriftung vor dem Ausstreichen des Zellmaterials.
 

Bei Verdacht auf Lymphom (Lymphknoten FNP) zusätzliches Punktat für FACS Analyse in der Hämatologie anfertigen.

 

Fixation

• Ausstriche sofort nach Punktion fixieren (innerhalb von Sekunden!)
• Spray-Fixation: mit einem Abstand von ca. 10-20 cm mit Spray einsprühen, bis das Präparat vollständig von einem Flüssigkeitsfilm bedeckt ist. Ausstriche 10-20 min vor Versand trocknen lassen.
  oder
• Feucht-Fixation mittels Delaunay Lösung (kann im Zytopathologie Labor bestellt werden unter Tel. +41 61 556 53 66).

Versand

• Spray-fixiert: Versandhülsen
• Feucht-fixiert (Delaunay Lösung): Versandbehälter mit Schraubverschluss
• FNP-Spritze nach dem Ausstreichen mit 0.9% NaCl oder Zellmedium spülen und mit Spülflüssigkeit versenden
• Bei Verdacht auf Lymphom separates Punktat direkt in das Hämatologie Labor versenden

Technik der Feinnadelpunktion (FNP)

Serie von online Videos mit ausführlicher Diskussion der FNP Technik: 

Fine Needle Aspirate

FNA Techniques

Indikationen

• Zelldifferenzierung mit Bestimmung der CD4/CD8 Ratio («Immunlavage») bei Verdacht auf entzündliche oder interstitielle Lungenerkrankung
  • Bestimmung der Lymphozyten-Subpopulationen (CD4, CD8, CD3 und CD19) mittels FACS
• Infektabklärung («Infektlavage»)
  • Erregernachweis mittels Spezialuntersuchungen (Immunfluoreszenz, Spezialfärbungen): Pneumocystis jirovecii (PCP), CMV, RSV, Legionella pneumophila, Mykobakterien, Pilze

Anmeldung

• Bei Notwendigkeit einer eiligen Befundung noch am selben Tag: bitte BAL spätestens unmittelbar vor Beginn des Eingriffs im Labor (Tel. +41 61 556 53 66) anmelden und Fragestellung mitteilen (Zelldifferenzierung/Infektsuche/Malignität).
• Eilige Infektabklärung mittels Spezialuntersuchungen: Resultate noch am selben Tag, sofern BAL bis spätestens 14.00 Uhr im Zytopathologie Labor eintrifft.

Konservierung

• Keine Konservierungsmittel. Transport auf Eiswasser (Wasser/Eis zu gleichen Teilen). Gefäss nicht in reines Eis stellen.

Versand

• In graduiertem Plastikgefäss mit spitalinternem Direkttransport (STA bis 17 Uhr, danach in Absprache mit Zytopathologie Labor): Bei Post- oder Bahntransport (Express- oder Kurierdienst) in wasserdicht verschliessbarem Plastikgefäss.

Sputum
 
Indikationen

• Bei Tumor-Verdacht Entnahme von Nüchternsputum an drei aufeinanderfolgenden Tagen (Sputum I-III).

 
Vorgehen

• Vor Sputumabgabe Zähne putzen.
• Gebissträger: Gebiss herausnehmen, Mund gut ausspülen.
• Tief einatmen und tiefsitzenden Schleim abhusten.
• Bei fehlendem Auswurf mit 3%-iger Kochsalzlösung inhalieren lassen und über der erkrankten Lunge auf den Rücken klopfen, wodurch zähes Bronchialsekret in Vibration versetzt und Hustenreiz ausgelöst wird.
• Aufgehusteten Schleim direkt in ein für den Sputumversand vorgesehenes Gefäss oder in einen Sputumbecher spucken.

Konservierung

• Bei Transportdauer von weniger als 1 Tag: kein Zusatz.

 

Versand

• Jede Sputumprobe sofort und separat einsenden. Kein Sammelsputum.
• ​​​​​​​Versand in fest verschliessbaren Plastikgefässen mit weiter Öffnung.

Für alle seröse Flüssigkeiten (Pleura- und Perikarderguss, Aszites, Aspirat aus Douglas’schem Raum, Peritoneallavage) gilt:

• Kein Zusatz von Konservierungsmittel. Sterile seröse Flüssigkeiten sind
• gute Zellmedien. Haltbarkeit der Zellen bei Zimmertemperatur ca. 24 Stunden, bei 4 °C im Kühlschrank über das Wochenende.
• Ganze Flüssigkeitsmenge einsenden (bei grossen Mengen mindestens 1 Liter, am besten alles)

Spontanurin

 Vorgehen

• Am Morgen der Untersuchung zunächst die Blase entleeren
• Danach mehrere Gläser Flüssigkeit trinken
• Bewegung vor der 2. Blasenentleerung (Gymnastik, Treppensteigen, Spaziergang)
• Blase vollständig in bereitgestelltes Gefäss entleeren
• Frauen: Vor Miktion Labien mit nassem Tuch abtupfen (Vermeidung genitaler Plattenepithelien im Urin)
  
   

 Konservierung

• Urinprobe sofort mit 50 % Alkohol im Verhältnis 1:1 versetzen (zur Konservierung und Unterdrückung des Bakterienwachstums).
  
   

 Versand

• Probe sofort einsenden, damit sie möglichst am selben oder nächsten Tag verarbeitet werden kann.
  
   

Katheterurin

Wie Spontanurin sofort mit 50 % Alkohol im Verhältnis 1:1 versetzen.

Wichtig: Auf Einsendeformular vermerken, ob es sich um Spontan- oder Katheterurin handelt.

 

 Harnblasenspülflüssigkeit

 Konservierung

• Flüssigkeit sofort mit 50 % Alkohol im Verhältnis 1:1 versetzen (wie bei Urin).
  
   

 UroVysion™ FISH

Untersuchung von Urothelien auf chromosomale Aberrationen. Wir bieten Ihnen diese Untersuchung je nach zytologischem Befund zur weiteren Abklärung an. Sie erfolgt an dem bereits angefertigten Zytologiepräparat und erfordert keine separate Einsendung von zusätzlichem Material.

Wichtigste Indikationen:

• Unklare zytologische Atypien (z.B. oberer Harntrakt, nach BCG oder im Rahmen der Nachsorge)
• Diskrepanz zwischen Zytologie und Zystoskopie

• Falls Liquor ausschliesslich auf Tumorzellen untersucht werden soll, direkte Einsendung in das Zytopathologie Labor in der Pathologie erbeten.
• In allen anderen Fällen Liquor an die Labormedizin des Universitätsspitals Basel senden, wo Zellzahl, Eiweiss, Glukose etc. bestimmt werden. Von dort werden Zytozentrifugenpräparate zur Zelldifferenzierung an das Zytopathologie Labor weitergeleitet.
• Liquor cerebrospinalis ist eine nährstoffarme Flüssigkeit. Die Zellen gehen daher rasch zugrunde. Zudem führt die Zelladhäsion an den Wänden des Einsendegefässes zu einem Zellverlust. Daraus ergibt sich:
• Liquor muss innerhalb von 2 Stunden verarbeitet und sofort in das Labor gebracht werden.

Konservierung

• Nur nativer Liquor ohne Konservierungszusatz

Versand

• Nicht zu kleine Menge einsenden (möglichst ≥ 2 ml)
• Einsendung in einem Plastikröhrchen (Zelladhäsion geringer als in Glasröhrchen)

Eine breite Palette von Antikörpern steht für immunzytochemische Untersuchungen neoplastischer und nicht-neoplastischer Erkrankungen zur Verfügung (für Tumortypisierung, prognostische und prädiktive Markeruntersuchungen und Erregerdiagnostik). Die Immunzytochemie wird direkt auf den diagnostischen zytologischen Präparaten oder an Zellblöcken durchgeführt.

Dies ist eine Methode, die sowohl für unfixiertes als auch für fixiertes Material genutzt werden kann. Hierzu können Schnitt-/Blockpräparate oder auch zytologische Präparate (auch bereits gefärbte) verwendet werden. Das Prinzip basiert auf einer Hybridisierung von Gensonden an den zu untersuchenden Genabschnitten des Untersuchungsmaterials. Diese Gensonden sind mit Fluoreszenzfarbstoffen gekoppelt, die unter einem speziellen Fluoreszenz-Mikroskop sichtbar gemacht werden können.
 

In unserem Analyseangebot steht eine Reihe von unterschiedlichen Sonden zur Verfügung, die insbesondere für die Diagnostik von Lungenkarzinomen, Sarkomen und Lymphomen eingesetzt werden. Es können auch numerische genetische Aberrationen (Amplifikationen und Deletionen) als auch Translokationen nachgewiesen werden.
 

Diese Methode ist auch zur Abklärung unklarer Veränderungen in der Zytologie geeignet (z.B. Urovision® bei Veränderungen des Harntraktes. 

Für die Einsendung verwenden Sie bitte folgende Formulare: 

• Molekularpathologie FISF Deutsch
• Molekularpathologie FISF Francais

Next Generation Sequencing (NGS) erlaubt es, mit einer einzigen Analyse einen Überblick über zahlreiche klinisch relevante Genalterationen (z.B. Punktmutationen, Deletionen, Insertionen, sowie Kopienzahlveränderungen) im Tumorgewebe zu erhalten. Die Methode ermöglicht, viele unterschiedliche DNA Sequenzen gleichzeitig zu sequenzieren und somit Informationen über zahlreiche therapeutisch relevante Gene auf einmal zu gewinnen.

 

Hierzu werden kommerziell erhältliche Kits der Firmen Thermo Fisher und ArcherDx sowie selbst entwickelte Panels verwendet.

 

DNA-basierte Analysen werden unter anderem mit folgenden Panels durchgeführt:

• Oncomine™ Precision Assay GX (vor allem Tumore der Lunge, Kolon, Brust, GIST), 46 Gene mit 14 Kopienzahlvariationen
• CE-IVD Oncomine™Solid Panel (vor allem Tumore der Lunge und des Kolons; 22 Gene)
• Oncomine™ Comprehensive Assay v3 (erweitertes Genspektrum für alle Tumoren, 135 Gene, 47 Kopienzahlvariationen)
• Oncomine™ Comprehensive Assay Plus (inklusive TMB) (ausgedehntes Genspektrum für alle Tumoren, inklusive Tumormutationslast, 498 Gene mit 333 Kopienzahlvariationen)
• Oncomine™ Childhood Panel (vor allem kindliche Tumoren inklusive DICER1 und MYOD1), 136 Gene mit 28 Kopienzahlvariationen
• HRR-BRCAness-Prostata-Panel (vor allem Tumore des Ovars, Prostata, Mamma und Pankreas) mit BRCA1/2, RAD51B, ATM, CDK12 und weiteren Genen, 55 Gene
• Lymphom Panel (häufige Mutationen in total 68 Genen von Lymphomen)
• Melanom Panel (häufige Mutationen des Melanoms) mit BRAF, NRAS, KIT, TERT, NF1, GNAQ, GNA11, BAP1 und weiteren Genen, 33 Gene
   

Daneben bieten wir auch RNA-basierte Analysen an, durch die Genfusionen von z.B. ALK, ROS1, RET, NTRK1/2/3 und FGFR2/3 nachgewiesen werden können. Dazu zählen:

• Archer™ FusionPlex™ (Fusionen von 137 Genen)
• Oncomine™ Comprehensive Assay v3 RNA (Fusionen von 51 Genen)
• Oncomine™ Precision Assay GX (Fusionen von 18 Genen)
• Oncomine™ Focus Assay RNA (Fusionen von 23 Genen)
• Oncomine™ Childhood RNA Panel (Fusionen von 91 Genen)

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Ebenfalls bieten wir die Bestimmung der Tumormutationslast (TMB) an. Bei diesem Verfahren wird mittels NGS die Anzahl der Mutationen pro 1 Millionen Basenpaaren bestimmt. Die Bestimmung des TMB kann helfen, Patienten zu identifizieren, die mit höherer Wahrscheinlichkeit von einer Immuntherapie profitieren.
 

Die NGS-Methoden sind grundsätzlich sowohl für histologische als auch zytologische Präparate anwendbar. Mittels Laser-Capture-Mikrodissektion können wir den Tumorzellgehalt erhöhen, so dass auch bei wenig Tumorzellen oder geringem Tumorzellgehalt auswertbare Ergebnisse erzielt werden.
 

Eine detaillierte Liste der analysierbaren Gene und Exone sowie weitere Informationen zu NGS finden Sie hier: 

• Molekularpathologie NGS Deutsch
• Molekularpathologie NGS Francais
• Gene und Exone der angebotenen NGS-Panels

Unter der Bezeichnung liquid biopsy bieten wir die Untersuchung zellfreier DNA (cfDNA) im peripheren Blut und Liquor an. Diese aus zahlreichen Geweben des Körpers stammende fragmentierte DNA beinhaltet bei Tumorpatienten auch sog. zirkulierende Tumor-DNA (ctDNA). Mit entsprechend sensitiven Methoden können u.a. therapierelevante Mutationen gesucht werden, insbesondere auch solche, die für Medikamentenresistenz verantwortlich sind. Eine weitere gängige Anwendung ist die Quantifizierung der ctDNA anhand bereits bekannter tumorspezifischer Mutationen, die zuvor in konventionellen Biopsien bestimmt wurden. Bei Verlaufsmessungen weist ein Anstieg von ctDNA im peripheren Blut meist auf einen Tumorprogress hin.
 

Die Analyse wird meistens mit einem NGS-Verfahren unter Verwendung verschiedener Panels wie Oncomine™ Lung cfTNA, Oncomine™ Colon cfDNA Assay, Oncomine™ Breast cfDNA Assay oder Oncomine™ PanCancer cfTNA Assay durchgeführt. Diese Panels können allgemein für verschiedene Malignome, oder spezifisch für Malignome der Lunge, des Kolons und der Mamma durchgeführt werden.
 

Da ctDNA unbedingt vor Verdünnung durch Leukozyten-DNA geschützt werden muss, die bei der Lagerung von Blutproben durch Zellzerfall freigesetzt wird, müssen hierfür vorbereitete Vacutainer mit Konservierungsstoff (bspw. Streck tubes) verwendet werden. In diesen Einsendegefässen kann eine Blutprobe oder auch Liquor Probe ca. 4 Tage bei Raumtemperatur gelagert und versandt werden. Für eine Untersuchung sind 20ml Blut erforderlich, falls möglich sollten 2ml Liquor eingesandt werden. Entsprechende Tubes können auf Anfrage bei uns bestellt werden (Tel: +41 61 265 27 57).
 

Zentral bei der liquid biopsy sind die klinische Fragestellung und möglichst detaillierte Angaben zum gesicherten oder vermuteten Tumorleiden, um ein Maximum an klinisch verwertbarer Information aus der Probe zu gewinnen. Diese Angaben sollten auf dem Einsendeformular mitgeteilt werden.
 

Das entsprechende Einsendeformular und eine detaillierte Liste der analysierbaren Gene und Exone finden Sie hier: 

• Molekularpathologie Liquid biopsy Deutsch
• Molekularpathologie Liquid biopsy Francais

Wir bieten Array-basierte Genom-weite DNA-Methylierungsanalysen für die Tumor-Präzisionsdiagnostik an (1,2). Diese Analysen stehen für Hirn- und Weichteiltumoren, periphere Nervenscheidentumoren, sowie insbesondere auch das CUP-Syndrom (cancer of unknown primary) zur Verfügung (1,3). Für die CUP-Diagnostik werden die Datensätze gegen die DNA-Methylierungsprofile von mehr als 18'000 Tumoren durch das inhäusig entwickelte EpiDiP-System (4) abgeglichen, was in den meisten Fällen die Zuordnung zu einem Primarius bzw. Ursprungsgewebe erlaubt.
 

Neben tumorentitätsspezifischen DNA-Methylierungsprofilen liefert die Microarray-Analyse eine Vielzahl weiterer wichtiger Informationen:
 

• Kopienzahl-Profile, u.a. LOH 1p/19q bei Gliomen, MDM2-Genamplifikation bei Fettgewebstumoren
• Prognostische Informationen, z.B. CDKN2a/b Deletionen bei IDH-mutierten Gliomen , molekulares Meningeom-Grading (5), MLH1-Promotor-Methylierung
• Prädiktive Marker, z.B.  MGMT-Promotor-Methylierung, EGFR- sowie HER2-Genamplifikationen
   

Voraussetzung für die Analyse sind 500 ng DNA (vorzugsweise aus Nativgewebe, jedoch auch FFPE möglich).
 

Zudem bieten wir einen molekularen Schnelltest auf Basis der Nanoporensequenzierung an (6,7), der in wenigen Stunden eine zuverlässige Methylom-Klassifikation mittels der NanoDx- (7,8) sowie NanoDiP-Algorithmen (9) erlaubt. Diese Analyse ist ausschliesslich nativen und mittels SurePath^® oder ThinPrep^® konservierten Präparaten (inkl. maligner Ergüsse) vorbehalten. Die Asservierung nativer Gewebeproben in SurePath^® oder ThinPrep^® erlaubt externe Einsendungen bei Raumtemperatur. Im Nachgang zum Schnelltest werden die Befunde mittels höher auflösendem Microarray verifiziert (Dauer ca. 2 Wochen). Für die Einsendungen verwenden Sie bitte folgende Formulare: 
 

• Molekularpathologie NGS Deutsch
• Molekularpathologie NGS Francais

Referenzen

1.Capper D, Jones DTW, Sill M, Hovestadt V, Schrimpf D, Sturm D, et al. DNA methylation-based classification of central nervous system tumours. Nature. 2018 Mar 14;555(7697):469–74.

2.Hench J, Bihl M, Bratic Hench I, Hoffmann P, Tolnay M, Bösch Al Jadooa N, et al. Satisfying your neuro-oncologist: a fast approach to routine molecular glioma diagnostics. Neuro-Oncol. 2018 Nov 12;20(12):1682–

3.Koelsche C, Schrimpf D, Stichel D, Sill M, Sahm F, Reuss DE, et al. Sarcoma classification by DNA methylation profiling. Nat Commun. 2021 Dec;12(1):498.

4.Hench J, Frank S. EpiDiP Server [Internet]. 2020. Available from: http://www.epidip.org

5.Maas SLN, Stichel D, Hielscher T, Sievers P, Berghoff AS, Schrimpf D, et al. Integrated Molecular-Morphologic Meningioma Classification: A Multicenter Retrospective Analysis, Retrospectively and Prospectively Validated. J Clin Oncol. 2021 Dec 1;39(34):3839–52.

6.Euskirchen P, Bielle F, Labreche K, Kloosterman WP, Rosenberg S, Daniau M, et al. Same-day genomic and epigenomic diagnosis of brain tumors using real-time nanopore sequencing. Acta Neuropathol (Berl). 2017;134(5):691–703.

7.Kuschel LP, Hench J, Frank S, Hench IB, Girard E, Blanluet M, et al. Robust methylation-based classification of brain tumors using nanopore sequencing [Internet]. Oncology; 2021 Mar [cited 2021 Apr 1]. Available from: http://medrxiv.org/lookup/doi/10.1101/2021.03.06.21252627

8.Djirackor L, Halldorsson S, Niehusmann P, Leske H, Capper D, Kuschel LP, et al. Intraoperative DNA methylation classification of brain tumors impacts neurosurgical strategy. Neuro-Oncol Adv. 2021 Oct 10;vdab149.

9.Hench J, Hultschig C. NanoDiP - Nanopore Digital Pathology [Internet]. NanoDiP - Nanopore Digital Pathology. 2021 [cited 2021 Nov 26]. Available from: https://github.com/neuropathbasel/nanodip

Kontakt

Prof. Stephan Frank
Fachbereichsleiter Neuro- und Ophthalmopathologie, Mitglied Tumorzentrum
Tel.+41 61 328 63 90
stephan.frank@usb.ch

 

Dr. Jürgen Hench
Oberarzt Neuro- und Molekularpathologie, Mitglied Tumorzentrum
Tel.+41 61 328 68 91
juergen.hench@usb.ch

Sanger Sequenzierung

Die Sanger-Sequenzierung nach PCR-Amplifikation der DNA dient der Suche nach Mutationen innerhalb definierter Genomabschnitte. Die Auswertung der Sanger-Reaktionsprodukte erfolgt durch Kapillarelektrophorese, einer Verbesserung der initial von Sanger eingesetzten Polyacrylamid-Gelelektrophorese. Das Verfahren hat seinerzeit massgeblich die Sequenzierung ganzer Genome ermöglicht und geprägt, bevor es durch Parallelsequenzierung (auch next generation sequencing, NGS) weitgehend ersetzt wurde. Nichtsdestotrotz ist die Sanger-Technik auch heute noch der Referenzstandard der Gensequenzierung, anhand dessen neue Technologien validiert werden. Die Sanger-Sequenzierung findet bei uns vor allem noch Verwendung als kostengünstige Bestimmungsmethode von Mutationen in einzelnen Genbereichen. 

Fragmentlängenanalyse mittels Kapillarelektrophorese

Diese Methode basiert, wie die Sanger-Sequenzierung, auf kapillarelektrophoretischer Auftrennung gezielt erzeugter PCR-Produkte aus Proben-DNA und deren Längenbestimmung. Je nach PCR-Ansatz ist die Technik zur Klonalitätsanalyse bei lymphoproliferativen Erkrankungen oder zur Bestimmung der Mikrosatelliteninstabilität bei Karzinomen einsetzbar.

Droplet digital PCR

Bei der droplet digital PCR (ddPCR) wird die DNA-Probe in viele (bis 20’000 pro Reaktionsansatz) Tröpfchen (droplets) in einer Wasser-Öl-Emulsion aufgeteilt. Anschliessend wird in jedem dieser einzelnen Tröpfchen eine mutations-spezifische PCR mit Fluoreszenz-gekoppelten TaqMan-Sonden durchgeführt. Alle Tropfen werden danach auf das Vorhandensein einer Mutation untersucht, wobei jene fluoreszieren, in denen eine mutations-spezifische Amplifikation stattgefunden hat. Die Analyse findet mit Hilfe eines modifizierten Fluoreszenz-Durchflusszytometers statt. In der Regel werden zwei Farbstoffe verwendet, um das mutierte Allel vom Wildtyp-Allel zu unterscheiden. Das Verhältnis der beiden Farbsignale entspricht der Allelfrequenz der Mutation (Anzahl mutierter Allele pro Gesamtzahl der Allele im Tumorgewebe). Zur Suche nach Einzelgen-Veränderungen ist die ddPCR eine sehr robuste Methode, da dabei im Gegensatz zum Sanger-Verfahren immer auch die Allelfrequenz bestimmt wird, was die Befundinterpretation erleichtert. Aufgrund der quantitativen Resultate kann die ddPCR unter anderem auch zur Bestimmung von Genamplifikationen, Deletionen und DNA-Methylierung eingesetzt werden.

Humane Papillomavirus (HPV) Genotypisierung

Eine Genotypisierung ist notwendig, um festzustellen, ob eine HPV-Infektion besteht und ob diese mit einem erhöhten Risiko für eine Progression bzw. Karzinomentstehung einhergeht. Es wird hierzu ein quantitatives PCR-Verfahren verwendet, dass nicht nur zwischen high risk und low risk HPV Genotypen unterscheidet, sondern in den allermeisten Fällen auch die involvierten genauen HPV Typen (auch bei Mehrfachinfektionen) ermittelt. Die Methode kann für alle zytologischen Verfahren, aber auch für formalinfixiertes und paraffineingebettetes und natives Gewebe verwendet werden. Diese Analyse wird in Zusammenarbeit mit der Klinischen Virologie der Labormedizin des Universitätsspital Basel durchgeführt.

Das entsprechende Einsendeformular finden Sie hier: 

• Molekularpathologie NGS Deutsch
• Molekularpathologie NGS Francais

Muskelbiopsie

Um eine fachgerechte histologische Aufarbeitung des nativen Untersuchungsgutes zu gewährleisten, ist eine Voranmeldung entweder via E-Mail oder telefonisch +41 61 328 78 74 erforderlich. Wenn immer möglich, sollte diese Voranmeldung mind. 24 Stunden vor Biopsieentnahme erfolgen.


Muskelgewebsfragment (Grösse ca. 1x1x1 cm) nativ (unfixiert, ohne Medium) in einem geschlossenen Gefäss (z.B. Thermosgefäss, Styroporschachtel) auf Eis mit Taxi, Kurier etc. einsenden. Cave: Gewebe nicht in direktem Kontakt zum Eis. Keine Verwendung von Trockeneis oder tiefgefrorenen Kühlakkus!


Falls Taxi oder Kuriertransport nicht möglich, Biopsat bitte per Expresspost einsenden (Zustellung am gleichen Tag, Biopsieentnahme entsprechend zeitlich planen) an:
 

Pathologie
Universitätsspital Basel
Schönbeinstrasse 40
4031 Basel

Innerhalb Universitätsspital Basel: Rohrpost 2856. Bei Absendung bitte Telefon an 87874.

Generell

• Bitte immer Entnahmestelle des Muskels angeben.
• Dem Biopsat beiliegender ärztlicher Bericht mit möglichst detaillierter Angabe klinischer Symptome und Fragestellung. Nennung der ärztlichen Kontaktperson.
• Der biopsierte Muskel sollte von den beschriebenen Krankheitssymptomen betroffen sein, jedoch sollte es sich nach Möglichkeit nicht um deutlich paretische/plegische bzw. umgebaute Muskulatur handeln.
• EMG-Nadeln verursachen erhebliche Artefakte. Deshalb keine Muskelbiopsie aus Arealen in die EMG-Nadeln eingestochen wurden.
   

Formular Klinische Informationen zu Muskel-/Nervenbiopsien 

 

Nervenbiopsie

Anmeldung der Nervenbiopsie vorgängig entweder via E-Mail  oder telefonisch +41 61 328 78 74. Wenn immer möglich, sollte die Voranmeldung mind. 24 Stunden vor Biopsieentnahme erfolgen.

Nerventeilstück mindestens 2cm lang, idealerweise 4cm lang (bei Kindern nach Möglichkeit nicht unter 1cm).

Innerhalb Universitätsspital Basel: Einsendung in nativem Zustand mit Rohrpost 2856. Bei Absendung bitte Telefon an 87874.

Übrige Einsender: entweder fixiert in 4% gepufferten Formalin (reguläre Post) oder nativ gekühlt mit Kurier (siehe Muskelbiopsie).

Formular Klinische Informationen zu Muskel-/Nervenbiopsien

Anmeldung/Administration/Bestellung: Tel. +41 61 328 78 74

Kontakt

Prof. Stephan Frank
Fachbereichsleiter Neuro- und Ophthalmopathologie, Mitglied Tumorzentrum
Tel.+41 61 328 63 90
stephan.frank@usb.ch
 

Dr. Jürgen Hench
Oberarzt Neuro- und Molekularpathologie, Mitglied Tumorzentrum Tel.+41 61 328 68 91
juergen.hench@usb.ch